Наиболее значимыми работами, которые были выполнены в современный период функционирования учреждения (1995 - 2005 гг.), являются:
1. Подготовка проекта Концепции государственной транспортной политики Российской Федерации.
Концепция была одобрена Правительством Российской Федерации в 1997 году. Она послужила основой для налаживания делового взаимодействия транспортных предприятий и структур с органами государственного и местного управления, а также с потребителями транспортных услуг. Кроме того, Концепция во многом способствовала адаптации транспорта к новым экономическим условиям. Положения Концепции сохраняют актуальность и в настоящее время.
2. Разработка прогнозов развития транспорта России.
Прогнозы охватывали все виды транспорта, разрабатывались как составная часть общих прогнозов социально-экономического развития Российской Федерации на долгосрочную и среднесрочную перспективу и содержали оценки ожидаемого спроса на перевозки пассажиров и грузов, рекомендации по рациональным структурным преобразованиям и необходимому развитию производственно-технической базы видов транспорта с определением капитальных вложений для этой цели, их эффективности и источников финансирования.
Все виды транспорта в них рассматривались как составные части единой транспортной системы страны, согласованно решающие существующие транспортные проблемы.
Результаты прогнозов были использованы государственными органами при разработке направлений социально-экономического развития страны.
3. Разработка федеральной целевой программы «Модернизация транспортной системы России» (2002-2010 годы).
Утверждена Правительством Российской Федерации в 2001 г.
На основе анализа современного положения и задач в области транспорта в рамках программы были разработаны мероприятия по согласованному развитию всех видов отечественного транспорта, представленные в виде перечня необходимых инвестиционных проектов на период до 2010 года. Внимание программы сосредоточено на ускоренном обновлении технических средств транспорта и на устранении «узких мест» в развитии инфраструктуры федерального значения.
Заложенная в документе стратегия планирования и финансирования развития транспортной инфраструктуры полностью соответствует современным методологическим принципам, используемым на международном уровне.
4. Исследование проблем развития международных транспортных коридоров.
В 2000 г. подготовлены «Основные направления формирования и развития международных транспортных коридоров на территории Российской Федерации», которые были одобрены Правительством Российской Федерации. На их основе разработана подпрограмма «Международные транспортные коридоры» в составе ФЦП «Модернизация транспортной системы России» (2002-2010 годы).
Подпрограмма содержит ряд мероприятий по развитию и совершенствованию российских железнодорожных магистралей, автомобильных дорог, морских портов, внутренних водных путей, аэропортов гражданской авиации и автомобильных грузовых терминалов, а также систем связи, расположенных в международных транспортных коридорах.
Основу этих мероприятий составляет перечень инвестиционных проектов с их необходимыми характеристиками.
5. Исследование проблем развития транспорта в регионах Российской Федерации.
Основная направленность этих исследований – разработка программ и схем комплексного развития транспорта и логистических технологий в крупных экономических районах, федеральных округах и отдельных субъектах Российской Федерации. В их числе Концепция государственной транспортной политики и Программа развития транспортного комплекса Республики Татарстан, а также программы развития транспорта в регионе «Большая Волга», в Восточной Сибири и на Дальнем Востоке, в Волгоградской, Тюменской, Самарской и Калужской областях.
6. Разработка проблем международного сотрудничества в области транспорта.
Учреждением подготовлены научно-аналитические материалы для проводившихся в г. Санкт-Петербурге в 1998, 2000 и 2003 гг. трех Международных евроазиатских конференций по транспорту. Значительное внимание в работах последних лет уделялось вопросам проведения согласованной политики функционирования и развития на взаимовыгодной основе транспортных систем Союзного государства России и Белоруссии, государств-участников СНГ, использованию их коммуникаций для транзитных перевозок.
Научный центр участвовал в ряде международных проектов, осуществлявшихся под эгидой Европейских Сообществ.